Hiện nay, sử dụng phân bón hóa học rộng rãi, đã có phần nâng cao năng xuất cây trồng trong giai đoạn đầu. Tuy nhiên, sau một thời gian sử dụng phân bón bón dư thừa, không cân đối bón không đúng cách, bón trong thời gian dài và lạm dụng phân bón vô cơ. Đã khiến phân bón vô cơ có những tác động, ảnh hưởng xấu tới môi trường (đất đai suy kiệt, ô nhiễm môi tường), con người và sinh vật có ích.

Bón nhiều và bón trong thời gian dài phân bón vô cơ khiến:

Suy kiệt vi lượng trong đất. Do có rất nhiều loại phân bón vô cơ (đặc biệt các loại phân đơn) không cung cấp. Không thay thế được chất vi lượng mà cây trồng hấp thu từ đất gây cạn kiệt dần các chất vi lượng trong đất.

Sản phẩm phụ của phân bón. Các phản ứng hóa học của các thành phần trong phân làm tạo ra các ion H+. Giảm độ pH, đất đai chai cứng, bạc màu, đất bị chua hóa. Tích tụ một số kim loại nặng trong đất. Tiêu diệt hệ vi sinh vật có lợi trong đất, làm mất cân bằng sinh học.