Hạn chế về kinh phí: Để khai thác được tài nguyên biển, đòi hỏi sự đầu tư lớn về kinh phí cho việc nghiên cứu, xây dựng cơ sở hạ tầng, tàu thuyền và trang thiết bị. Việc cấp ngân sách cho nghiên cứu, khai thác tài nguyên biển đang gặp nhiều khó khăn do ngân sách của đất nước không đủ để đáp ứng nhu cầu đó.
Hạn chế về kỹ thuật và công nghệ: Việt Nam đang gặp nhiều khó khăn trong việc áp dụng kỹ thuật và công nghệ hiện đại vào khai thác tài nguyên biển. Những thiết bị hiện đại này thường rất đắt tiền và cần được bảo trì, sửa chữa thường xuyên để đảm bảo chất lượng và hiệu quả.
Đối tượng tài nguyên biển phức tạp: Tài nguyên biển rất đa dạng và phức tạp, gồm nhiều loại sinh vật và nguyên liệu khác nhau. Việc tìm hiểu, nghiên cứu và khai thác các loại tài nguyên này đòi hỏi sự chuyên môn cao và kỹ năng đa dạng.
Đối thủ cạnh tranh trong khu vực: Việt Nam đang phải đối mặt với sự cạnh tranh gay gắt từ các nước trong khu vực, đặc biệt là Trung Quốc, trong việc khai thác tài nguyên biển. Việc cạnh tranh này đòi hỏi Việt Nam phải có chiến lược khai thác tổng hợp kinh tế biển hợp lý và hiệu quả để đối phó.
Vấn đề an ninh và pháp lý: Khai thác tài nguyên biển cần phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định của pháp luật quốc tế và nội địa. Việt Nam cần phải đảm bảo an ninh, trật tự trên biển và tránh các tranh chấp
 
 

Khai thác tổng hợp kinh tế biển là một lĩnh vực rất tiềm năng và quan trọng đối với phát triển kinh tế của Việt Nam. Tuy nhiên, việc khai thác này cũng đặt ra nhiều khó khăn và thách thức, bao gồm:

-Điều kiện tự nhiên: Với diện tích biển rộng lớn nhưng hầu hết là biển đảo, các hoạt động khai thác kinh tế biển đòi hỏi phải có điều kiện tự nhiên thuận lợi như độ sâu, độ mặn, thời tiết, sóng gió, thủy sản, vật liệu nguyên liệu,…v.v.
-Cơ sở hạ tầng kém: Hiện nay, cơ sở hạ tầng cho khai thác kinh tế biển của Việt Nam vẫn còn kém, chưa đáp ứng được nhu cầu của ngành này. Các cảng biển, đường thủy nội địa, đường bộ, đường hàng không, các trung tâm nghiên cứu khoa học và công nghệ cũng còn thiếu hụt.
-Kỹ thuật khai thác chưa được phát triển: Các kỹ thuật khai thác kinh tế biển hiện nay của Việt Nam chưa được phát triển đầy đủ và chưa đáp ứng được nhu cầu của ngành này. Các phương pháp khai thác chưa được hiệu quả, chưa đảm bảo an toàn môi trường và chưa có sự đa dạng hóa sản phẩm.
-Quản lý và giám sát chưa tốt: Việc quản lý và giám sát các hoạt động khai thác kinh tế biển của Việt Nam vẫn còn hạn chế, không đảm bảo an toàn môi trường và bảo vệ tài nguyên biển. Nhiều hoạt động khai thác kinh tế biển vẫn còn xảy ra trái phép, gây ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường và sinh kế của người dân địa phương.
Thiếu nguồn nhân lực chất lượng cao: Để phát triển ngành kinh tế biển, Việt Nam cần có nguồn nhân lực chất lượng cao, có kiến thức chuyên môn sâu rộng, kỹ năng và kinh nghiệm thực tiễn. Tuy nhiên, hiện nay, nguồn nhân lực trong lĩnh vực này vẫn còn hạn chế, chưa đáp ứng được nhu cầu của ngành