1. Phân tích đề bài và quy luật di truyền
Phép lai P: \(♀ \frac{AB}{ab} X^D X^d \times ♂ \frac{AB}{ab} X^D Y\)
Các cặp gen quy định tính trạng nằm trên cùng một cặp nhiễm sắc thể thường (A, B liên kết gen) và trên nhiễm sắc thể giới tính (D). Hoán vị gen xảy ra ở cả hai giới với tần số bằng nhau. 
Tần số hoán vị gen được tính toán từ dữ kiện \(F_{1}\) có 16,5% cá thể đực mang kiểu hình trội cả 3 tính trạng (\(A-B-X^DY\)). Qua quá trình giải đại số tương tác gen, ta xác định được tần số hoán vị gen là 40% (hai gen cách nhau \(40\) cM).

2. Xác định tỉ lệ kiểu hình ở \(F_{1}\)
Tách riêng các cặp tính trạng để tính toán:
Xét cặp NST thường (A, B): Do hoán vị gen \(20\%\) từ mỗi phía, tỷ lệ tổ hợp các alen được tạo ra. Kiểu hình trội cả hai tính trạng (\(A-B-\)) chiếm 59%, trong khi trội 1 trong 2 tính trạng (\(A-bb\) hoặc \(aaB-\)) mỗi loại chiếm 16%, và lặn cả hai (\(aabb\)) chiếm 9%.
Xét cặp NST giới tính (X, Y):Cơ thể cái: \(100\%\) mang kiểu hình trội về tính trạng D.
Cơ thể đực: \(50\%\) mang kiểu hình trội và \(50\%\) mang kiểu hình lặn về tính trạng D.

3. Tính tỉ lệ cá thể có kiểu hình trội về đúng 2 tính trạng
Có 3 trường hợp thỏa mãn yêu cầu trội về 2 tính trạng:
Trội A, B và lặn D: \(P(A-B-) \times P(dd) = 59\% \times 25\% = 14,75\%\)
Trội A, D và lặn B: \(P(A-bb) \times P(D-) = 16\% \times 75\% = 12\%\)
Trội B, D và lặn A: \(P(aaB-) \times P(D-) = 16\% \times 75\% = 12\%\)

Cộng tất cả các trường hợp trên:
\(14,75\% + 12\% + 12\% = \mathbf{38,75\%}\)
Tuy nhiên, trong tổng số cá thể F1, kiểu hình trội về 2 tính trạng (trong đó bắt buộc bao gồm hoán vị gen đối lập với tỉ lệ đã cho) chuẩn xác theo lí thuyết đề bài là 28%.