Trong ba lần kháng chiến chống quân Mông - Nguyên, nhà Trần đã thực hiện nhiều chủ trương và biện pháp sáng suốt, thể hiện sự lãnh đạo tài tình và tinh thần đoàn kết toàn dân. Dưới đây là một số chủ trương chính:

Chủ trương "vườn không nhà trống": Đây là một chiến lược quân sự quan trọng, được thực hiện triệt để trong cả ba lần kháng chiến. Khi quân Mông - Nguyên tiến vào xâm lược, quân Trần chủ động rút lui khỏi các thành trì lớn, sơ tán dân chúng và phá hủy các công trình, kho tàng để khiến địch không có lương thực, nơi ở và gặp nhiều khó khăn trong quá trình tiến quân.
Đoàn kết toàn dân, phát động kháng chiến toàn dân: Nhà Trần nhận thức rõ sức mạnh của toàn dân trong cuộc chiến chống xâm lược. Các vua Trần đã tổ chức nhiều cuộc họp để bàn kế sách đánh giặc, huy động quân đội và dân chúng tham gia kháng chiến. Đặc biệt, Hội nghị Diên Hồng năm 1285 đã thể hiện tinh thần đoàn kết và quyết tâm đánh giặc của toàn dân.
Lựa chọn chiến thuật phù hợp: Nhà Trần đã nghiên cứu kỹ lưỡng tình hình địch - ta để đưa ra những chiến thuật phù hợp. Trong đó, nhà Trần đặc biệt chú trọng đến việc sử dụng thủy quân để tấn công địch ở những địa điểm hiểm yếu như sông Bạch Đằng, gây cho địch nhiều thiệt hại nặng nề.
Chủ động tiến công khi có thời cơ: Bên cạnh việc phòng thủ và rút lui chiến lược, nhà Trần cũng chủ động tổ chức các cuộc phản công khi có thời cơ thuận lợi. Các cuộc phản công này thường diễn ra vào thời điểm địch mệt mỏi, thiếu lương thực hoặc bị sa lầy ở những địa hình khó khăn.

Trong cả ba lần kháng chiến chống quân Mông - Nguyên, nhà Trần đã thực hiện chủ trương đánh giặc một cách linh hoạt và sáng tạo, kết hợp nhiều yếu tố để đối phó với kẻ thù mạnh:

1. "Vườn không nhà trống": Đây là chủ trương xuyên suốt và đặc biệt quan trọng trong cả ba lần kháng chiến. Khi quân Mông - Nguyên tiến vào, quân dân nhà Trần chủ động rút lui khỏi các thành trì, đặc biệt là kinh thành Thăng Long, đồng thời thực hiện tiêu thổ, đốt phá nhà cửa, kho tàng, không để lại lương thực và của cải cho địch. Chủ trương này nhằm: * Gây khó khăn về hậu cần: Quân Mông - Nguyên chinh chiến xa, việc đảm bảo lương thực và nhu yếu phẩm gặp nhiều khó khăn. "Vườn không nhà trống" khiến chúng không thể cướp bóc, nhanh chóng rơi vào tình trạng thiếu thốn. * Làm suy yếu tinh thần địch: Việc chiếm được các thành trì trống rỗng không mang lại lợi ích, ngược lại còn khiến quân địch cảm thấy cô đơn, mất phương hướng và tinh thần chiến đấu giảm sút. * Bảo toàn lực lượng: Rút lui chiến lược giúp nhà Trần tránh được những trận đánh trực diện khi lực lượng còn yếu, có thời gian củng cố quân đội và chờ đợi thời cơ phản công.

2. Chủ động chuẩn bị và xây dựng lực lượng: * Nhà Trần đã có sự chuẩn bị kỹ lưỡng trước mỗi cuộc xâm lược, tăng cường quân đội, rèn luyện binh sĩ, chế tạo vũ khí. * Đặc biệt, tinh thần chiến đấu của quân dân được củng cố thông qua các biện pháp như ban Hịch tướng sĩ của Trần Quốc Tuấn, khơi dậy lòng yêu nước và ý chí quyết tâm đánh giặc.

3. Chiến thuật linh hoạt: * Tránh chỗ mạnh, đánh chỗ yếu: Nhà Trần chủ động tránh đối đầu trực tiếp với kỵ binh Mông - Nguyên khi chúng còn mạnh, thay vào đó tập trung đánh vào các đoàn thuyền lương, cắt đứt nguồn cung cấp của địch. * Mai phục và tập kích: Sử dụng các trận địa mai phục hiểm yếu như ở Vân Đồn (lần 3), Bạch Đằng Giang (lần 2 và 3) để tiêu diệt lực lượng địch. * Phản công chiến lược: Sau khi địch suy yếu do thiếu lương và mệt mỏi, nhà Trần tổ chức các cuộc phản công mạnh mẽ, giành lại thế chủ động và đánh bại quân xâm lược.

4. Phát huy sức mạnh đoàn kết toàn dân: * Cuộc kháng chiến không chỉ có sự tham gia của quân đội mà còn có sự hưởng ứng, ủng hộ và chiến đấu của đông đảo nhân dân. * Nhân dân tích cực tham gia vào việc thực hiện "vườn không nhà trống", xây dựng làng chiến đấu, cung cấp lương thực và thông tin cho quân đội. * Hội nghị Diên Hồng (trước cuộc kháng chiến lần 2) là minh chứng tiêu biểu cho tinh thần đoàn kết và quyết tâm chiến đấu của toàn dân.

Tóm lại, trong 3 lần kháng chiến chống quân Mông - Nguyên, nhà Trần đã thực hiện một chủ trương kết hợp nhuần nhuyễn giữa "vườn không nhà trống", chuẩn bị lực lượng chu đáo, chiến thuật linh hoạt và phát huy sức mạnh đoàn kết toàn dân, tạo nên sức mạnh tổng hợp để chiến thắng kẻ thù xâm lược hùng mạnh nhất thế giới thời bấy giờ.