​Phú Yên, với sự đa dạng về văn hóa và lịch sử, đã và đang thực hiện nhiều phương pháp để bảo tồn các di sản văn hóa vật thể và phi vật thể.​

Đối với di sản văn hóa vật thể:

Tu bổ và tôn tạo: Các di tích như Đầm Ô Loan, Gành Đá Đĩa, Tháp Nhạn đã được tu bổ, chống xuống cấp nhằm duy trì nguyên vẹn giá trị lịch sử và văn hóa. ​
Xã hội hóa bảo tồn: Huy động sự tham gia của cộng đồng và các tổ chức trong việc trùng tu, bảo dưỡng di tích. Ví dụ, Đình Ngọc Lãng đã nhận được đóng góp từ nhân dân để tu bổ. ​Phú Yên online
Phát triển du lịch văn hóa: Khai thác giá trị di sản để thu hút du khách, đồng thời tạo nguồn thu cho cộng đồng địa phương. ​
Đối với di sản văn hóa phi vật thể:

Sưu tầm và nghiên cứu: Thu thập và nghiên cứu các tài liệu Hán Nôm, văn bia, gia phả để lưu giữ thông tin về lịch sử và văn hóa địa phương. ​VJOL
Bảo tồn lễ hội truyền thống: Duy trì và phát huy các lễ hội như đâm trâu, đánh bài chòi, hò khoan, lễ hội cầu ngư để giáo dục thế hệ trẻ về bản sắc văn hóa dân tộc. ​
Đào tạo và phát huy nghệ nhân: Bảo vệ và phát triển các nghề truyền thống thông qua việc đào tạo nghệ nhân và tổ chức các hoạt động trình diễn văn hóa. ​
Những nỗ lực trên không chỉ giúp bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa Phú Yên mà còn góp phần nâng cao nhận thức cộng đồng và thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội địa phương.​

Để bảo tồn và phát huy giá trị di sản một cách hiệu quả, cần tập trung vào một số công việc sau:

- Tuyên truyền, giáo dục ý thức bảo tồn di sản:

+ Nâng cao nhận thức của tập thể và cá nhân về giá trị của di sản.

+ Giáo dục ý thức, nâng cao tinh thần trách nhiệm của cá | nhân và cộng đồng về việc bảo vệ di sản.

- Đầu tư cho cơ sở vật chất

+ Đầu tư cho việc nghiên cứu, khảo sát về di sản,...

+ Đầu tư cơ sở vật chất, nguồn vốn để bảo tồn di sản; sử dụng có hiệu quả, tiết kiệm nguồn đầu tư đó,...

+ Đầu tư cho nhiệm vụ nâng cao chất lượng nguồn nhân lực để quản lí di sản.

- Tăng cường biện pháp bảo vệ di sản:

+ Tăng cường năng lực tổ chức, quản lý nhà nước đối với di sản.

+ Xã hội hoá công tác bảo vệ, thông qua phát huy vai trò của cộng đồng địa phương.

+ Giải quyết hài hoà giữa bảo tồn di sản và phát triển kinh tế - xã hội.

+ Xử lí kịp thời những vi phạm trong quá trình bảo vệ, khai thác giá trị di sản.