Truyện ngắn "Lặng lẽ Sa Pa" của Nguyễn Thành Long có nhiều chủ đề đan xen, tạo nên một bức tranh sinh động và sâu sắc về cuộc sống và con người Việt Nam trong giai đoạn xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc. Tuy nhiên, có thể tóm gọn chủ đề chính của tác phẩm như sau:

Ca ngợi vẻ đẹp của những con người lao động thầm lặng
Những con người bình dị: Truyện tập trung vào những con người lao động bình dị, sống và làm việc âm thầm, lặng lẽ tại Sa Pa. Họ là anh thanh niên làm công tác khí tượng, là ông hoạ sĩ già, là cô kỹ sư trẻ... Mỗi người đều có những công việc và hoàn cảnh khác nhau, nhưng đều mang trong mình lòng yêu nghề, tinh thần trách nhiệm cao và sự cống hiến không ngừng cho đất nước.
Vẻ đẹp khuất lấp: Vẻ đẹp của họ không hào nhoáng, không phô trương mà ẩn sâu trong những hành động, suy nghĩ và tình cảm. Đó là sự tận tâm với công việc, là lòng yêu thương con người, là ý chí vượt khó khăn...
Sự đóng góp âm thầm: Họ không mong được ghi nhận hay khen thưởng, chỉ đơn giản là làm tốt công việc của mình, góp một phần nhỏ bé vào sự phát triển của đất nước.
Khám phá vẻ đẹp của cuộc sống
Cuộc sống bình dị: Truyện khắc hoạ cuộc sống bình dị, giản dị nhưng đầy ý nghĩa của những con người nơi Sa Pa. Đó là cuộc sống gắn bó với thiên nhiên, là những khoảnh khắc giao tiếp, chia sẻ chân thành, là niềm vui trong công việc...
Giá trị đích thực: Qua cuộc sống của những nhân vật, tác giả muốn gửi gắm thông điệp về giá trị đích thực của cuộc sống, không nằm ở những điều xa hoa, phù phiếm mà ở những điều giản dị, chân thành.
Tình yêu cuộc sống: Dù cuộc sống còn nhiều khó khăn, thiếu thốn, nhưng những con người nơi Sa Pa vẫn luôn yêu đời, lạc quan và tin tưởng vào tương lai.