Chiến tranh là những cuộc biến thiên của lịch sử và đi kèm với nó luôn là những mất mát, đau thương. Trong Bí ẩn của làn nước, chiến tranh đã đem đến một ám ảnh kinh hoàng đối với người dân nơi hậu phương: “Năm ấy, nhằm trúng đỉnh lũ đêm Rằm tháng Bảy, một loạt bom Mỹ phá tan vệt canh giữ đằng trước làng tôi. Dứt dây nổ của bom và tiếng gầm ghê rợn của máy bay cường kích là chuỗi ầm ầm long lỡ của dòng sông phá bung đê tràn ngang vào đồng ruộng”. Bom đạn đã phá vỡ đê điều, nhấn chìm làng mạc, đồng ruộng của những người nông dân, đẩy họ vào cảnh khốn cùng: “Nước đã ngập làng. Tôi về, kịp dìu vợ leo lên mái thì vừa đợt dâng nước thứ hai. Mái nhà tranh của vợ chồng tôi bị lôi đi trong đêm. Đến khi mái rạ saows rã tan ra thì ơn trời nó vương vào thân đa trước đình làng. Đã cả một đám đông bám trên các cành… Vợ tôi ôm khư khư đứa con mới inh, nhất định không để tôi bế đỡ.” Không dừng lại ở đó, những người dân giờ đây lại càng rơi vào bế tắc hơn khi nhiều giờ trôi qua mà mưa vẫn tiếp tục tuôn, gió tiếp tục thổi, dòng nước ngày một xiết hơn. Dòng nước xiết ấy không chỉ nhấn chìm làng mạc, cuốn trôi mọi tài sản của người nông dân mà còn cướp đi số mệnh của những người xấu số như những người phụ nữ yếu ớt, những đứa bé non nớt: “Vợ tôi “ối” kêu một tiếng thảng thốt, và “ùm”, con trai tôi, đứa con sơ sinh tôi chưa được nhìn thấy mặt, tuột khỏi bọc ni lông trên tay mẹ nó, san xuống làn nước tối tăm.

- Trời ơi! Con tôi...! - Vợ tôi hét rú lên và lao ngay lập tức xuống hòng chụp lấy con.

Tôi phóng mình theo. Nước lạnh, ngầu bùn, sâu hút và cuốn mạnh. Tôi vớ kịp thằng con, nhao vội lên, trao nó cho những bàn tay đang chìa xuống, rồi lại lặn tiếp ngay để cứu vợ.” Chiến tranh đã cướp mất đi tài sản, người vợ và cả đứa con trai mà nhân vật “tôi” còn chưa kịp nhìn mặt. Thời gian và làn nước năm ấy vẫn cứ mang theo cái bí mật mà anh chôn vùi, giấu kín trong lòng: “Từ bấy tới nay, thời gian trôi qua và triền nước trôi đi, tôi đã có tuổi và con gái tôi đã thành một thiếu nữ đẹp nhất làng. Nó là đứa con của làn nước, mọi người đều nói thế bởi vì chuyện nó sa xuống dòng nước lụt rồi được cha nó cứu lên thì cả làng ai cũng biết. Nhưng điều bí mật kia thì không ai hay, kể cả con gái tôi nó cũng không thể biết. Chỉ có dòng sông biết.” Nỗi đau đớn, ám ảnh năm ấy đã trở thành ẩn ức và nỗi buồn cứ âm ỉ cháy trong lòng của anh. Nỗi đau mất vợ và mất con trong cái đêm vỡ đê ấy sẽ đeo bám anh đến hết đời mà chẳng có cách nào chối bỏ: “Có ngày nào mà tôi không ra đê ngắm làn nước trôi. Vợ tôi, con trai tôi và người đàn bà vô danh nhìn tôi từ đáy nước. Thời gian, năm tháng cứ trôi, dòng sông và lịch sử tất thảy đều đổi thay nhưng mà niềm đau của đời tôi thì khôn nguôi bởi vì ấy là một niềm đau không thể nói nên lời.” Như vậy, chỉ trong thời gian một đêm mà biết bao sự kiện, bao nỗi đau đớn đã túa ra, ngập tràn cả trên trang sách.

 
Bên cạnh thời gian nghệ thuật, cốt truyện biên niên và nhân vật, Bảo Ninh đã rất thành công khi tạo dựng nên một không gian nghệ thuật chứa đựng nhiều nỗi kinh hoàng, hoảng sợ, đau đớn. Và trong không gian đó, con người bị đẩy đến bi kịch thê thảm nhất, tồi tệ nhất. Trong đêm tối, lồng trong tiếng nổ của bom đạn và máy bay cường kích là “chuỗi ầm ầm long lở của dòng sống phá bung đê tràn ngang vào đồng ruộng.”. Trong khung cảnh hỗn loạn, dòng nước nhấn chìm hết nhà cửa, làng mạc, ruộng đồng, người dân chỉ còn cách bám trụ trên các cành đa trước đình làng. Và trong làn nước ngày một xiết, cảnh những người xấu số bị dòng nước nuốt chửng bắt đầu hiện ra. Như vậy, chiến tranh là một nỗi khiếp sợ, nó đem đến những tai ương, những nỗi đau khủng khiếp cho con người. Trong truyện ngắn này, thông qua lăng kính của nhân vật “tôi”, chúng ta thấy được một hiện thực nghiệt ngã rằng những người nông dân không chỉ mất hết nhà cửa, tài sản mà còn mất đi vợ con, những người mà họ yêu thương, trân quý nhất. Không gian đau thương này kết hợp với thời gian ngắn ngủi càng nhấn mạnh hơn số phận mỏng manh của con người trong thời chiến. Con người bị đẩy đến những nỗi đau thương, mất mát tận cùng mà chẳng thể nào cứu vãn hay chữa lành được. Những nỗi đau ấy dần dần trở thành những điều bí ẩn mà con người chôn chặt trong lòng giống như cái điều bí ẩn trong đời của người đàn ông kia, hay của đứa bé gái luôn nằm sâu trong làn nước, vẫn cứ chảy trôi theo thời gian mà chẳng mất đi.

“Các dòng sông trôi đi như thời gian, và cũng như thời gian, trên mặt nước các triền sông biết bao nhiêu là chuyện đời đã diễn ra.”. Thật vậy, chiến tranh dù đã đi qua nhưng những nỗi đau, những mất mát mà nó để lại trong tâm hồn, trong cuộc đời của mỗi người vẫn còn đó. Đặc biệt trong truyện ngắn Bí ẩn của làn nước, ta có thể thấy được Bảo Ninh không chỉ tiếp cận đề tài chiến tranh thông qua nỗi đau thương, mất mát của những người lính mà còn qua nỗi đau đớn trong tâm hồn của những người nông dân. Qua đó, ông không chỉ thể hiện tinh thần phê phán, tố cáo chiến tranh mà còn thể hiện sự đồng cảm đối với những con người phải chịu đựng sự giày vò của chiến tranh