Chi tiết “ngọc trai - giếng nước” nằm ở phần cuối của truyện. Sau khi biết được bí mật, mượn cớ về thăm cha, Trọng Thủy đánh cắp nỏ thần đem về đưa cho Triệu Đà. Có nỏ thần trong tay, Triệu Đà tiến đánh Âu Lạc một lần nữa. An Dương Vương thấy giặc đến chân thành nhưng vẫn chủ quan vì nghĩ rằng đã có nỏ thần. Nỏ thần không phát huy tác dụng, thua trận, An Dương Vương cưỡi ngựa đem theo Mị Châu đi về phía biển. Nhưng đi đến đâu thì thấy quân giặc theo đến đấy. Thần Kim Quy hiện lên nói rằng kẻ thù ở ngay bên cạnh. An Dương Vương bèn rút kiếm ra chém chết Mị Châu rồi nhảy xuống biển tự vẫn. Trước khi bị cha chém chết, Mị Châu đã nói rằng: “Thiếp là phận gái, nếu có lòng phản nghịch mưu hại cha chết đi sẽ biến thành cát bụi. Nếu một lòng trung hiếu mà bị người lừa dối thì sẽ biến thành châu ngọc để rửa sạch mối nhục thù”. Và quả thật khi nàng chết đi, máu của nàng chảy xuống biển, con trai ăn được mới có ngọc châu. Ngọc trai chính là sự hóa thân của Mị Châu. Còn giếng nước lại là chi tiết phản chiếu những lỗi lầm của Trọng Thủy. Mị Châu chết đi khiến Trọng Thủy vô cùng hối hận, bèn nhảy xuống giếng Mị Châu thường tắm tự tử. Người đời sau đem ngọc châu rửa với nước giếng này thì thấy sáng lạ lùng.

Như vậy, chi tiết này là một sự giải oan cho Mị Châu. Nàng không chủ ý trở thành kẻ phản nghịch với đất nước. Mà chỉ vì tấm lòng ngây thơ cũng như sự cả tin mà dẫn đến sai lầm. Lời cầu khấn của nàng đã ứng nghiệm chứng tỏ tấm lòng trung thành của Mị Châu với đất nước. Sự thấu hiểu của nhân dân dành cho người con gái khờ dại vì tình yêu mà vô tình trở thành kẻ bất trung bất hiếu. Việc ngọc trai sáng lấp lánh cũng giống như vẻ đẹp tâm hồn của nàng. Còn đối với Trọng Thủy dù lấy được nỏ thần đem về cho Triệu Đà, giành được chiến thắng nhưng lại mất đi người mình yêu thương nhất. Chàng phải sống trong day dứt, dằn vặt vì lỗi lầm với Mị Châu. Có thể nói chính Trọng Thủy đã gián tiếp hại chết Mị Châu. Hình ảnh giếng nước ở Loa thành đã phản ảnh được tội lỗi của Trọng Thủy. Hành động nhảy xuống giếng tự tử là phù hợp với tâm lí của nhân vật này.

Chi tiết ngọc trai, giếng nước đã thể hiện được giá trị nhân văn cao đẹp. Đó là thái độ bao dung của nhân dân dành cho Mị Châu và Trọng Thủy. Đồng thời là lời nhắc nhở người đời sau cần biết giải quyết mối quan hệ cá nhân - cộng đồng một cách hợp lý.

Tóm lại, ngọc trai - giếng nước là một chi tiết sâu sắc, giàu ý nghĩa biểu tượng. Đồng thời đem đến một bài học giá trị cho mỗi con người trong cuộc sống.