1. Hệ quả về chính trị – xã hội
Chia cắt đất nước lâu dài
Cuộc xâm lược và xung đột giữa Trịnh – Nguyễn khiến đất nước bị chia thành Đàng Ngoài (Trịnh) và Đàng Trong (Nguyễn) trong gần 200 năm.
Nam – Bắc triều hình thành hai trung tâm quyền lực riêng, gây chia rẽ về chính trị và quân sự.
Gia tăng bất ổn xã hội
Xung đột liên miên khiến dân chúng phải chịu gánh nặng thuế, lính tráng, chiến tranh.
Nhiều nơi nông dân bị bắt lính, bị cướp bóc, dẫn đến đời sống khó khăn, mất an ninh trật tự.

2. Hệ quả về kinh tế
Đồng bằng và đất canh tác bị chiến tranh phá hủy, làm năng suất nông nghiệp giảm.
Thương mại phát triển hạn chế do giao thông, đường thủy và đường bộ thường xuyên bị xung đột chi phối.
Một số vùng biên giới và chiến tuyến bị tàn phá nghiêm trọng, dân cư phải di cư, làm cho phát triển kinh tế khó khăn.

3. Hệ quả về văn hóa và xã hội
Dân gian xuất hiện nhiều ca dao, tục ngữ, truyện thơ phản ánh nỗi khổ của dân thời chiến tranh.
Văn hóa hai miền phát triển riêng biệt trong điều kiện chia cắt lâu dài, nhưng vẫn giữ được truyền thống văn hóa dân tộc.
Hệ thống lâu đài, thành trì, kinh thành được xây dựng nhiều, phản ánh ảnh hưởng chiến tranh kéo dài.

4. Ý nghĩa tổng thể
Cuộc xâm lược Nam – Bắc triều, Trịnh – Nguyễn làm chia cắt đất nước, gây tổn thất nặng nề về nhân lực và vật lực, nhưng đồng thời cũng làm nổi bật tinh thần chiến đấu bảo vệ đất nước của nhân dân.
Đây là bài học lịch sử về nguy cơ chia rẽ và tầm quan trọng của sự đoàn kết dân tộc.

I. Hệ quả chung của hai cuộc xung đột
Đất nước bị chia cắt: Đây là hệ quả nghiêm trọng nhất. Xung đột Nam - Bắc triều dẫn đến sự chia cắt tạm thời từ Thanh Hóa - Nghệ An trở ra Bắc thuộc Nam triều (Lê - Trịnh), phần còn lại thuộc Bắc triều (nhà Mạc). Sau đó, cuộc Trịnh - Nguyễn phân tranh chính thức chia Đại Việt thành Đàng Trong (do chúa Nguyễn cai quản) và Đàng Ngoài (do chúa Trịnh nắm quyền, vua Lê chỉ là bù nhìn), lấy sông Gianh (Quảng Bình) làm ranh giới. Tình trạng này kéo dài suốt hai thế kỉ, gây ảnh hưởng lớn đến sự thống nhất và phát triển chung của dân tộc.
Kinh tế bị tàn phá nặng nề: Chiến tranh liên miên khiến sản xuất bị đình trệ, mùa màng bị tàn phá, ruộng đồng bị bỏ hoang.
Đời sống nhân dân khốn cùng: Người dân phải chịu cảnh sưu cao thuế nặng, nhiều người bị bắt đi lính, đi phu, khiến gia đình li tán, đói khổ, dịch bệnh phát sinh.
Suy yếu quốc gia Đại Việt: Các cuộc chiến tranh phong kiến làm tiêu hao sức người, sức của, làm suy yếu sức mạnh tổng thể của quốc gia, tạo điều kiện cho các thế lực bên ngoài can thiệp hoặc xâm lược.
Tạo mầm mống cho các cuộc xung đột tiếp theo: Xung đột Nam - Bắc triều là tiền đề cho cuộc Trịnh - Nguyễn phân tranh sau đó. 
 
II. Hệ quả riêng biệt
 
1. Cuộc xung đột Nam - Bắc triều
Thời gian và địa điểm: Kéo dài hơn 50 năm (1533 - 1592) chủ yếu ở khu vực từ Thanh Hóa đến miền Bắc.
Hậu quả: Gây ra tổn thất lớn về người và của, làng mạc tiêu điều, đời sống nhân dân cực khổ trong suốt thời gian diễn ra chiến sự ác liệt. 
 
2. Cuộc Trịnh - Nguyễn phân tranh
Thời gian và địa điểm: Kéo dài gần 200 năm (từ đầu thế kỷ XVII đến cuối thế kỷ XVIII) với ranh giới chính là sông Gianh.
Hậu quả:Chia rẽ sâu sắc về chính trị: Hình thành hai chính quyền riêng biệt với hệ thống luật lệ, hành chính, và lực lượng quân sự riêng, làm suy yếu quyền lực của triều đình Lê trung hưng.
Phát triển kinh tế không đồng đều: Đàng Trong có điều kiện phát triển kinh tế hàng hóa và mở rộng lãnh thổ về phía Nam thuận lợi hơn so với Đàng Ngoài luôn trong tình trạng chiến tranh và rối ren.
Mâu thuẫn xã hội gay gắt: Sự bóc lột của chính quyền Trịnh ở Đàng Ngoài làm bùng nổ nhiều cuộc khởi nghĩa nông dân ở thế kỷ XVIII, dẫn đến sự sụp đổ của cả hai tập đoàn Trịnh, Nguyễn và triều Lê, tạo cơ hội cho nhà Tây Sơn thống nhất đất nước sau này. 
Tóm lại, hệ quả lớn nhất của các cuộc chiến này là sự chia cắt dân tộc kéo dài, gây ra những tổn thất to lớn về người và của, kìm hãm sự phát triển chung của quốc gia Đại Việt trong nhiều thế kỷ.