Trong trường hợp này, chúng ta có hai tính trạng của lúa: hạt dài (tính trạng trội) và hạt tròn (tính trạng lặn). Giả sử:

Gen quy định hạt dài: A (trội)
Gen quy định hạt tròn: a (lặn)

Trong trường hợp này, chúng ta có hai tính trạng của lúa: hạt dài (tính trạng trội) và hạt tròn (tính trạng lặn). Giả sử:

Gen quy định hạt dài: A (trội)
Gen quy định hạt tròn: a (lặn)

Lúa hạt dài (tính trạng trội) có thể có kiểu gen AA (hạt dài thuần chủng) hoặc Aa (hạt dài không thuần chủng). Tuy nhiên, để đơn giản, chúng ta sẽ giả sử lúa hạt dài có kiểu gen Aa (không thuần chủng).
Lúa hạt tròn (tính trạng lặn) có kiểu gen aa.
Khi lai giữa lúa hạt dài Aa và lúa hạt tròn aa, ta có:

 
A
a
a
Aa (hạt dài)
aa (hạt tròn)
a
Aa (hạt dài)
aa (hạt tròn)

Kết quả F1
F1 sẽ có tỷ lệ kiểu hình như sau:

50% Aa (hạt dài)
50% aa (hạt tròn)
Bước 3: Lai phân tích F1
Cho F1 (Aa) lai với nhau để phân tích. Khi F1 (Aa) tự thụ phấn hoặc lai với nhau, ta có:

 
A
a
A
AA (hạt dài)
Aa (hạt dài)
a
Aa (hạt dài)
aa (hạt tròn)
Kết quả F2
Từ phép lai này, ta có tỷ lệ kiểu hình như sau:

25% AA (hạt dài)
50% Aa (hạt dài)
25% aa (hạt tròn)
Tỷ lệ kiểu hình trong F2
Tính trạng hạt dài: 25% AA + 50% Aa = 75% (hạt dài)
Tính trạng hạt tròn: 25% aa = 25% (hạt tròn)

Khi cho F1 lai phân tích, kết quả sẽ là:

Tỷ lệ kiểu hình hạt dài : hạt tròn = 3 : 1 (75% hạt dài và 25% hạt tròn).