Nhược điểm của việc tạo thủ công sơ đồ tư duy trên giấy bao gồm:

Khó chỉnh sửa: Khi đã vẽ xong sơ đồ tư duy trên giấy, việc thay đổi hoặc bổ sung thông tin sẽ rất khó khăn. Bạn sẽ phải xóa đi, vẽ lại hoặc thậm chí là bắt đầu từ đầu nếu có sự thay đổi lớn.
Dễ bị rối và không khoa học: Nếu sơ đồ quá phức tạp hoặc có nhiều nhánh, nó có thể trở nên lộn xộn và khó hiểu. Trên giấy, việc sắp xếp các nhánh sao cho hợp lý và rõ ràng đôi khi khá khó khăn, nhất là khi không có đủ không gian.
Giới hạn không gian: Trên giấy, bạn sẽ bị giới hạn về không gian và kích thước. Nếu sơ đồ quá lớn hoặc có quá nhiều chi tiết, bạn sẽ gặp khó khăn trong việc trình bày hoặc cần thêm giấy để tiếp tục.
Khó chia sẻ và sao chép: Việc chia sẻ sơ đồ tư duy thủ công với người khác có thể gặp khó khăn. Bạn sẽ phải chụp ảnh hoặc sao chép thủ công, điều này không thuận tiện và không thể chia sẻ trực tuyến nhanh chóng như khi sử dụng phần mềm.
Dễ hư hỏng: Sơ đồ tư duy trên giấy có thể bị rách, nhòe mực hoặc hư hỏng theo thời gian. Điều này làm giảm tính bền vững và khả năng bảo quản lâu dài.
Tuy nhiên, việc tạo sơ đồ tư duy trên giấy cũng có ưu điểm là đơn giản, dễ dàng thực hiện ngay khi không có thiết bị điện tử, và giúp kích thích khả năng sáng tạo.

Việc tạo sơ đồ tư duy thủ công trên giấy có một số nhược điểm sau:

Hạn chế về không gian: Giấy có kích thước cố định, nên nếu sơ đồ của bạn lớn hoặc phức tạp, bạn có thể gặp khó khăn trong việc sắp xếp mọi thứ một cách rõ ràng và hợp lý.
Khó khăn trong việc chỉnh sửa: Nếu bạn cần thay đổi hoặc bổ sung các thông tin, việc chỉnh sửa trên giấy có thể gây khó khăn và làm mất tính thẩm mỹ của sơ đồ.
Không dễ chia sẻ: Sơ đồ tư duy trên giấy không thể dễ dàng chia sẻ với người khác qua các phương tiện điện tử. Điều này khiến việc hợp tác và thảo luận trở nên khó khăn hơn.
Không có tính năng tương tác: Sơ đồ trên giấy không thể tích hợp các yếu tố tương tác như liên kết, hình ảnh, video, hoặc các ghi chú bổ sung mà các phần mềm tạo sơ đồ tư duy điện tử có thể cung cấp.
Dễ bị hỏng hoặc mất mát: Giấy có thể bị hỏng, rách hoặc mất, trong khi các phiên bản điện tử có thể được sao lưu và lưu trữ an toàn hơn.
Khó khăn trong việc tổ chức thông tin: Với sơ đồ tư duy bằng tay, việc phân loại và tổ chức thông tin có thể thiếu tính linh hoạt và dễ bị lộn xộn hơn so với các phần mềm chuyên dụng.
Mặc dù sơ đồ tư duy trên giấy có ưu điểm là dễ thực hiện và không cần thiết bị điện tử, những nhược điểm trên có thể khiến người dùng tìm kiếm các giải pháp hiệu quả hơn thông qua phần mềm tạo sơ đồ tư duy.