Phân bón hóa học có hàm lượng dinh dưỡng cao, tác dụng nhanh đối với cây trồng, nhưng thời gian bón ngắn, dinh dưỡng đơn lẻ. Phân hữu cơ thì ngược lại. Chính vì vậy, khi kết hợp phân bón hóa học và phân bón hữu cơ bón cho cây trồng sẽ giúp chúng bổ sung cho nhau, trung hòa được các chất dinh dưỡng. Đồng thời đáp ứng được đầy đủ các chất dinh dưỡng cho cây trồng trong giai đoạn sinh trưởng khác nhau.

Sau khi bón phân hóa học vào đất, một số chất dinh dưỡng có trong đất được cải thiện và được cây trồng hấp thu tốt, còn một số chất còn tồn dư trong đất, nếu để lâu ngày trong đất sẽ làm ảnh hưởng đến tầng canh tác trong đất. Khi trộn với phân hữu cơ : phân chuồng, phân xanh đã ủ hoai mục bón cho cây trồng sẽ giúp cải tạo lại được tần đất và giúp cây trồng có thể hấp thu được toàn bộ các chất dinh dưỡng cho cây, làm giảm khả năng phân bón hóa học bị tồn lại trong đất và làm giảm bề mặt tiếp xúc của phân bón hóa học với đất trồng, nâng cao hiệu quả các chất dinh dưỡng cung cấp cho cây trồng.

Khi kết hợp phân bón hóa học với phân chuồng sẽ giúp cho bộ rễ của cây trồng có thể hấp thu được dinh dưỡng và nước từ trong đất một cách tốt nhất. Bởi lúc này khi sử dụng phân hóa học đều có độ hòa tan cao, nên khi bón cho cây sẽ gây áp lực thẩm thấu vào đất khiến cho bộ rễ cây bị tổn thương không thể hấp thu được dinh dưỡng và nước.

Kết hợp bón phân hữu cơ và phân hóa học sẽ giúp cải tạo được đất trồng cách tốt nhất, giúp đất trồng tơi xốp, giảm được tình trạng đất chua, đất kiềm, cân bằng được độ pH trong đất khi sử dụng phân hóa học lâu dài.

Vì phân hữu cơ là nguồn cung cấp năng lượng cho vi sinh vật, còn phân hoá học là dinh dưỡng vô cơ cho sự sinh trưởng và phát triển của vi sinh vật. Việc sử dụng hỗn hợp cả hai có thể thúc đẩy sức sống của vi sinh vật, do đó thúc đẩy quá trình phân hủy phân hữu cơ. Hoạt động của vi sinh vật đất cũng có thể tạo ra vitamin, biotin, axit nicotinic,… làm tăng chất dinh dưỡng cho đất, cải thiện sức sống của đất, thúc đẩy sự phát triển của cây trồng.