Hiện nay, các nhà khoa học vẫn chưa kết luận được chính xác nguồn gốc hình thành của Virus. Có 3 giả thuyết được đặt ra cạnh tranh nhau gồm:

Giả thuyết hồi quy hoặc giảm: Cho biết Virus hình thành như những sinh vật độc lập, trở thành ký sinh trùng. Theo thời gian chúng loại bỏ gen không cần thiết, trở thành chuỗi Nucleoprotein đơn giản và phụ thuộc hoàn toàn vào tế bào chúng lựa chọn.

Giả thuyết đầu tiên: cho biết virus phát triển từ các phân tử phức tạp của acid nucleic và protein, có thể trước hoặc cùng thời điểm tế bào bắt đầu xuất hiện trên Trái Đất. 

Giả thuyết tiến bộ: cho biết virus là tiến hóa từ 1 phần của RNA hoặc DNA, thoát khỏi gen của các sinh vật lớn, trở nên độc lập và thoải mái di chuyển giữa các tế bào.