Trong thí nghiệm của Menđen, sự xuất hiện các biến dị tố hợp là hạt vàng, nhăn và hạt xanh, trơn ở F2 là kết quả của sự tổ hợp lại các cặp nhân tô di truyền (các cặp gen tương ứng) của P qua các quá trình phát sinh giao từ và thụ tinh đã hình thành các kiểu gen khảc kiểu gen của P như AAbb, Aabb, aaBB, aaBb.

Thí nghiệm của Menđen ờ trên chỉ mới đề cập tới sự di truyền của hai cặp tính trạng do 2 cặp gen tương ứng chi phối. Trên thực tế, ở các sinh vật bậc cao, kiểu gen có rất nhiều gen và các gen này thường tồn tại ở thể dị hợp, do đó sự phân li độc lập và tổ hợp tự do của chúng sẽ tạo ra số loại tổ hợp về kiểu gen và kiểu hình ở đời con cháu là cực kì lớn.

Quy luật phân li độc lập đã chỉ ra một trong những nguyên nhân làm xuất hiện những biến dị tổ hợp vô cùng phong phú ở các loài sinh vật giao phối. Loại biến dị này là một trong những nguồn nguyên liệu quan trọng đôi với chọn giống và tiến hoá.