1. Môi trường nuôi cấy vi sinh vật dựa vào thành phần môi trường
Nếu phân loại dựa vào thành phần môi trường thì các môi trường nuôi cấy vi khuẩn được chia làm hai loại gồm:

— Môi trường nuôi cấy tự nhiên: Đây là loại môi trường chứa các chất hữu cơ khác nhau không biết rõ thành phần hóa học vì vậy còn được gọi là môi trường không xác định về mặt hóa học. Môi trường tự nhiên chứa dịch chiết thịt bò, hoặc dịch chiết nấm men.

+> Ví dụ: Môi trường mạch nha, môi trường LB, môi trường cao thịt Pepton

— Môi trường nuôi cấy tổng hợp: Đây là loại môi trường biết rõ về các thành hóa học nên còn được gọi là môi trường xác định. Môi trường chứa các dung dịch pha loãng của hóa chất tinh khiết, không có nấm men, động vật hoặc mô thực vật, thường được sử dụng cho các mục đích nghiên cứu hơn là sản xuất.

+> Ví dụ: Môi trường Gause sử dụng trong xạ khuẩn

— Môi trường bán tổng hợp: Môi trường tự nhiên như một số thành phần hóa học đã được xác định rõ.

2. Môi trường nuôi cấy vi sinh vật dựa vào trạng thái môi trường
— Môi trường đặc: Những môi trường có bổ sung thêm thạch (Agar – Agar) hay silica gel

— Môi trường bán đặc: Những môi trường chỉ chứa một lượng nhỏ thạch (từ 0,2 – 0,7% ), được sử dụng để quan sát khả năng di chuyển và hoạt động của các vi sinh vật.

— Môi trường lỏng: Những môi trường không bổ sung các chất làm đông đặc, tồn tại ở dạng lỏng, thường được sử dụng trong nghiên cứu tại các phòng thí nghiệm và sản xuất lớn tại các nhà máy lên men công nghiệp.