Điều kiện tự nhiên và tài nguyên thiên nhiên của Đông Nam Bộ đã có những ảnh hưởng tích cực lẫn tiêu cực đến sự phát triển kinh tế của vùng.

Tác động tích cực:
Địa hình đất liền tương đối bằng phẳng, bờ biển có nhiều cửa sông, bãi tắm, rừng ngập mặn, thềm lục địa rộng và thoải.
Có diện tích lớn đất ba dan (chiếm 40% diện tích của vùng) và đất xam, phân bố tập trung thành vùng lớn trên địa hình tương đối bằng phẳng
Khí hậu cận xích đạo, thời tiết ít biến động, ít thiên tai
Có các mỏ dầu, khí ở vùng thềm lục dịa, sét xây dựng và cao lanh ở Đồng Nai, Bình Dương.
Vùng biển có nhiều thủy sản, gần các ngư trường lớn của nước ta.
Tiềm năng phát triển du lịch biển đảo, du lịch sinh thái…
Tác động tiêu cực:
Mùa khô kéo dài 4 – 5 tháng, thường xảy ra thiếu nước cho sinh hoạt dân cư, cho sản xuất công nghiệp và nông nghiệp, xâm nhập mặn ở vùng ven biển
Nạn triều cường gây nhiều trở ngại cho sản xuất, sinh hoạt dân cư ở các vùng thấp của Thành phố Hồ Chí Minh
Môi trường tự nhiên ở nhiều nơi bị suy thóai do tốc độ công nghiệp hóa nhanh, chưa xử lí tốt các nguồn chất thải.