Bản chất thể chế giữa Cộng đồng ASEAN và Liên minh Châu Âu (EU) có sự khác biệt cốt lõi như sau:

Mức độ hội nhập: EU là mô hình siêu quốc gia, các thành viên tự nguyện chuyển giao một phần chủ quyền cho các cơ quan chung. Ngược lại, ASEAN là tổ chức liên chính phủ, các nước giữ vững hoàn toàn chủ quyền và hợp tác dựa trên tinh thần tự nguyện.
Cơ chế ra quyết định: EU áp dụng nguyên tắc bỏ phiếu đa số trong nhiều lĩnh vực. Trong khi đó, ASEAN tuân thủ tuyệt đối nguyên tắc đồng thuận ("Phương thức ASEAN"), mọi quyết định cần sự đồng ý của tất cả các nước.
Hệ thống cơ quan: EU sở hữu hệ thống cơ quan lập pháp, hành pháp và tư pháp độc lập, quyền lực mạnh. ASEAN vận hành qua hệ thống hội nghị và Ban Thư ký, không có cơ quan siêu quốc gia hay tòa án tư pháp cưỡng chế.
Tính ràng buộc pháp lý: Luật lệ và quyết định của EU có hiệu lực ràng buộc trực tiếp và ưu tiên hơn luật quốc gia. Trong khi đó, các văn bản của ASEAN chủ yếu mang tính cam kết chính trị và tự nguyện, thiếu cơ chế trừng phạt mạnh.

Cộng đồng ASEAN và Liên minh Châu Âu (EU) là hai mô hình liên kết khu vực thành công nhất trên thế giới hiện nay. Tuy nhiên, bản chất thể chế của hai tổ chức này có sự khác biệt rất căn bản do mục tiêu, nguyên tắc hoạt động và tiến trình lịch sử riêng biệt.

Dưới đây là sự so sánh chi tiết về bản chất thể chế giữa hai mô hình:

1. Mô hình thể chế cốt lõi
Liên minh Châu Âu (EU) – Mô hình Siêu quốc gia (Supranationalism): EU hoạt động theo cơ chế siêu quốc gia. Các quốc gia thành viên chấp nhận nhượng lại một phần chủ quyền quốc gia của mình cho các cơ quan trung ương của liên minh. Các thể chế EU như Ủy ban Châu Âu (EC), Nghị viện Châu Âu (EP), hay Tòa án Công lý EU (ECJ) có quyền lực thực sự, có thể đưa ra các quyết định độc lập và mang tính bắt buộc thi hành đối với mọi quốc gia thành viên.
Cộng đồng ASEAN – Mô hình Liên chính phủ (Intergovernmentalism): ASEAN hoạt động thuần túy theo cơ chế liên chính phủ. Quyết định của ASEAN là kết quả của sự thương lượng và đồng thuận giữa chính phủ các quốc gia thành viên. ASEAN không có một cơ quan trung ương siêu quốc gia nào đứng trên chính phủ của các nước; chủ quyền quốc gia được tôn trọng tuyệt đối và không bị chia sẻ hay nhượng bộ.
2. Nguyên tắc ra quyết định và Luật pháp
Liên minh Châu Âu (EU):

Cơ chế biểu quyết: EU áp dụng cơ chế đa số áp đảo (Qualified Majority Voting - QMV) trong rất nhiều lĩnh vực (như thương mại, môi trường, thị trường chung). Điều này có nghĩa là một quyết định có thể được thông qua ngay cả khi có một số quốc gia thành viên phản đối.
Tính pháp lý: Luật pháp EU (EU Law) có tính tối thượng (Supremacy), trực tiếp áp dụng và bắt buộc mọi quốc gia thành viên phải tuân thủ. Nếu một quốc gia vi phạm, Tòa án Công lý EU có quyền xử phạt.
Cộng đồng ASEAN:

Cơ chế biểu quyết: ASEAN vận hành dựa trên hai nguyên tắc vàng: Thương lượng (Consultation) & Đồng thuận (Consensus) và Không can thiệp vào công việc nội bộ của nhau (thường được gọi là "Phương cách ASEAN" - ASEAN Way). Một quyết định chỉ được thông qua khi tất cả 10 quốc gia thành viên cùng nhất trí.
Tính pháp lý: Mặc dù Hiến chương ASEAN (2008) đã tạo cơ sở pháp lý rõ ràng hơn, các thỏa thuận của ASEAN phần lớn vẫn mang tính chất cam kết chính trị, thiếu cơ chế chế tài hoặc tòa án tư pháp bắt buộc để xử lý vi phạm.
3. Cơ cấu bộ máy và Thể chế hóa
Liên minh Châu Âu (EU): Bộ máy thể chế của EU rất phức tạp, chuyên môn hóa cao và có phân quyền rõ ràng giống như một mô hình nhà nước thu nhỏ:

Cơ quan lập pháp: Nghị viện Châu Âu (do cử tri EU trực tiếp bầu ra) kết hợp với Hội đồng EU.
Cơ quan hành pháp: Ủy ban Châu Âu (EC) đề xuất và triển khai luật.
Cơ quan tư pháp: Tòa án Công lý EU (ECJ) phân xử tranh chấp pháp lý.
Cơ quan tài chính: Ngân hàng Trung ương Châu Âu (ECB) quản lý đồng tiền chung (Euro).
Cộng đồng ASEAN: Bộ máy của ASEAN có cấu trúc phân tán và tính hành chính nhẹ nhàng hơn rất nhiều:

Cấp quyết định cao nhất: Hội nghị Cấp cao ASEAN (gồm Nguyên thủ/Người đứng đầu Chính phủ các nước).
Hội đồng Điều phối và các Hội đồng Trụ cột: Do các Bộ trưởng đảm nhiệm.
Ban thư ký ASEAN: Đóng vai trò hỗ trợ hành chính, phối hợp và dịch vụ, không có quyền lực điều hành hay áp đặt chính sách lên các quốc gia.
4. Mức độ tích hợp kinh tế và Động lực liên kết
Liên minh Châu Âu (EU): EU đã đạt đến cấp độ liên kết sâu sắc nhất: Liên minh Kinh tế và Tiền tệ (EMU). EU không chỉ có Thị trường chung (tự do lưu thông hàng hóa, dịch vụ, vốn và con người) mà còn sử dụng chung một đồng tiền (EuroEuroEuro) cho đa số thành viên, đồng thời thi hành chính sách thương mại và đối ngoại chung.
Cộng đồng ASEAN: ASEAN dừng lại ở mô hình Cộng đồng Kinh tế (AEC) với mục tiêu tạo ra một thị trường và căn cứ sản xuất chung đơn lẻ. Mức độ tự do hóa tập trung chính vào hàng hóa và dịch vụ, nhưng chưa đạt tới mức liên minh thuế quan hay dùng chung một đồng tiền. Sự đa dạng về trình độ phát triển kinh tế, thể chế chính trị và văn hóa giữa các nước ASEAN lớn hơn EU rất nhiều.
Tóm lại
Bản chất thể chế của EU là mô hình siêu quốc gia, pháp quyền nghiêm ngặt và tích hợp sâu, sẵn sàng đánh đổi một phần chủ quyền để lấy sự thống nhất khối. Trong khi đó, bản chất thể chế của ASEAN là mô hình hợp tác liên chính phủ, linh hoạt, dựa trên sự đồng thuận và tôn trọng tuyệt đối chủ quyền quốc gia.

Cả hai mô hình đều có ưu và nhược điểm riêng, phù hợp với hoàn cảnh lịch sử, văn hóa và địa - chính trị của từng khu vực.