Khi ghép các mô và cơ quan từ người này sang người kia (ví dụ như trong các ca ghép tạng, ghép thận, ghép tim...), cơ thể người nhận có thể nhận biết cơ quan lạ và đào thải các cơ quan đó nhờ vào hệ miễn dịch.

Cụ thể, hệ miễn dịch của cơ thể người nhận sẽ phát hiện các mô hoặc cơ quan được ghép từ người hiến là "lạ" thông qua các phân tử kháng nguyên (thường là các protein trên bề mặt của tế bào). Các phân tử kháng nguyên này có thể khác biệt giữa cơ thể người nhận và người hiến, khiến cơ thể người nhận coi chúng như những vật thể xâm nhập cần phải tiêu diệt.

Quá trình này gọi là phản ứng đào thải (reject), trong đó hệ miễn dịch của người nhận sẽ tấn công và cố gắng tiêu diệt mô hoặc cơ quan ghép.

Lý do cơ thể nhận dạng mô và cơ quan lạ:
Mối quan hệ giữa kháng nguyên và kháng thể: Mỗi tế bào trong cơ thể đều có những phân tử kháng nguyên đặc trưng, thường là protein hoặc carbohydrate, tạo nên "dấu vết nhận diện" của từng cá thể. Khi cơ quan hoặc mô từ người khác được ghép vào, các tế bào miễn dịch của cơ thể người nhận nhận ra các kháng nguyên này là "lạ" và khởi động phản ứng miễn dịch.
Mức độ phù hợp của mô ghép: Các mô và cơ quan ghép từ người này sang người khác có thể bị đào thải mạnh mẽ nếu không có sự phù hợp về nhóm máu hay các yếu tố mô học (chẳng hạn như nhóm HLA - Human Leukocyte Antigen). Do đó, trong các ca ghép tạng, bác sĩ thường phải tìm các mô tương thích chặt chẽ để giảm nguy cơ đào thải.
Biện pháp giảm nguy cơ đào thải:
Sử dụng thuốc ức chế miễn dịch: Sau khi ghép tạng, người nhận phải dùng các thuốc ức chế miễn dịch để làm giảm hoạt động của hệ miễn dịch, từ đó giảm khả năng đào thải cơ quan ghép.
Thử nghiệm tương thích mô: Trước khi thực hiện ca ghép, các bác sĩ thực hiện xét nghiệm mô để xác định sự tương thích giữa người cho và người nhận.
Như vậy, cơ thể nhận có khả năng phát hiện và đào thải các cơ quan lạ nhờ vào hệ miễn dịch của mình, thông qua việc nhận diện các kháng nguyên khác biệt.