Protein có nhiều chức năng quan trọng trong cơ thể, bao gồm:

Cấu tạo nên tế bào và cơ thể: Protein là thành phần cấu tạo chủ yếu của tế bào và cơ thể, bao gồm nhân, màng sinh học, bào quan.
Dự trữ axit amin: Các protein như protein sữa, protein hạt có chức năng dự trữ axit amin.
Xúc tác cho các phản ứng sinh hóa: Enzym là một dạng protein có chức năng xúc tác cho các phản ứng sinh hóa.
Vận động: Các protein như actin, myosin làm khung vận động của mô cơ và của rất nhiều tế bào khác.
Vận chuyển các chất: Protein có chức năng vận chuyển các chất, ví dụ như Hemglobin trong máu.
Thu nhận thông tin: Protein có chức năng thu nhận thông tin thông qua các thụ thể.
Điều hòa sự trao đổi chất: Các hoocmon protein có chức năng điều hòa sự trao đổi chất.
Bảo vệ cơ thể: Protein có chức năng bảo vệ cơ thể thông qua kháng thể.
Tóm lại, protein đảm nhiệm nhiều chức năng liên quan đến toàn bộ hoạt động sống của tế bào, quy định các tính trạng và các tính chất của cơ thể sống.