Nền kinh tế của Nhật Bản phát triển thịnh vượng trong thập niên 1970 nhưng rồi cũng bộc lộ ra những điểm yếu của nó. Sau thời kì kinh tế "bong bóng" 1986-1990, từ năm 1991, kinh tế Nhật Bản phát triển ì ạch. Trong những năm 1992 - 1995, tốc độ tăng trưởng hàng năm chỉ đạt 1,4%, năm  là 3,2%.

Đặc biệt, từ 1997 , và nhất là từ đầu 1998, kinh tế Nhật bị lâm vào suy thoái nghiêm trọng nhất kể từ sau cuộc khủng hoảng dầu lửa năm 1974 đến nay với những biểu hiện khủng hoảng hệ thống tài chính tiền tệ, đồng Yên, chứng khoán giảm giá mạnh, nợ xấu khó đòi tăng cao, sản xuất trì trệ và tỉ lệ thất nghiệp hoàn toàn đạt con số kỷ lục trong 45 năm nay (5,5% tháng 12 năm 2002). Năm 1997, GDP bị giảm 0,7%, năm 1998 lại giảm tiếp 1,8%. Cuộc suy thoái kinh tế lần này của Nhật chủ yếu mang tính chất cơ cấu liên quan đến mô hình phát triển của Nhật đang bị thử thách với một môi trường đã thay đổi khác trước. Vấn đề phục hồi kinh tế thông qua đẩy mạnh cải cách cơ cấu kinh tế, tài chính, ngân hàng đang là một vấn đề cấp bách đặt ra trước mắt đối với chính phủ Nhật.

Nhật Bản đang xúc tiến 6 chương trình cải cách lớn trong đó có cải cách cơ cấu kinh tế, giảm thâm hụt ngân sách, cải cách khu vực tài chính và sắp xếp lại cơ cấu chính phủ... Cải cách hành chính của Nhật được thực hiện từ tháng 1 năm 2001. Dù diễn ra chậm chạp nhưng cải cách đang đi dần vào quỹ đạo, trở thành xu thế không thể đảo ngược ở Nhật Bản và gần đây đã đem lại kết quả đáng khích lệ, nền kinh tế Nhật đã phục hồi và có bước tăng trưởng trở lại. Tuy nhiên, cuộc khủng hoảng tài chính thế giới năm 2008 lại một lần nữa khiến kinh tế Nhật bị suy thoái, GDP bị giảm 5% trong năm 2009. Trong giai đoạn 2010 - 2017, kinh tế Nhật thoát khỏi suy thoái nhưng vẫn chỉ đạt được tốc độ tăng trưởng rất chậm, trung bình 0,5 - 1% mỗi năm.

Hiện nay, kinh tế Nhật Bản còn phải đối mặt với một thách thức mới là tình trạng ìa hóa dân số  khiến lực lượng lao động bị thiếu hụt. Trong tương lai 10 năm tới, kinh tế Nhật Bản nhiều khả năng sẽ tiếp tục duy trì mức tăng trưởng rất chậm (khoảng 1% mỗi năm), khó có thể tăng tốc nhanh hơn.