Thứ nhất, quản lý nhà nước về phát triển nhân lực không tập trung, thống nhất xuyên suốt từ Trung ương tới địa phương mà đang có sự phân tán giữa cơ quan quản lý nhà nước và các đơn vị chủ quản, giữa các bộ, ngành với địa phương.

Thứ hai, các văn bản quy phạm pháp luật chuyên ngành được ban hành nhiều nhưng chưa có sự thống nhất giữa các văn bản với nhau, thậm chí có sự mâu thuẫn, chồng chéo, bất cập dẫn đến khó khăn cho việc phát triển nguồn nhân lực nói chung. Cụ thể, quy định pháp luật về quản lý nhà nước về phát triển nguồn nhân lực được quy định ở nhiều văn bản nêu trên, tuy nhiên thực tiễn áp dụng pháp luật và việc phân công, điều hành của Chính phủ với các cơ quan liên quan chưa rõ ràng, cụ thể, thiếu thống nhất nên hiệu quả chưa cao.

Thứ ba, một số văn bản quy phạm pháp luật thiếu tính khả thi trong thực tiễn, hiệu lực thấp, dẫn đến việc quản lý nhà nước đối với các cơ sở cung cấp nguồn nhân lực còn bị buông lỏng, thiếu chặt chẽ. Ví dụ, việc cho phép thành lập nhiều trường đại học, nhưng chất lượng đào tạo tại một số trường thấp, không tương xứng; nguồn nhân lực được đào tạo tại một số cơ sở đào tạo kém chất lượng, không đủ khả năng đáp ứng thị trường lao động; có những cơ sở tổ chức đào tạo mang tính chất hình thức, không chú trọng đến chất lượng đầu ra nguồn nhân lực…

Thứ tư, việc kiểm định, đánh giá chất lượng dịch vụ cung cấp nguồn nhân lực chưa thực sự thống nhất và hiệu quả chưa cao, các tiêu chuẩn đánh giá chất lượng chưa có quy định chuẩn, nặng về số lượng, thiếu quan tâm đến chất lượng nguồn nhân lực. Có không ít cơ sở đào tạo chưa xây dựng được quy chế đào tạo và chuẩn về chất lượng đầu ra, việc đánh giá chất lượng vẫn mang tính nội bộ, thiếu các tổ chức kiểm định độc lập đánh giá chất lượng nguồn nhân lực.

Thứ năm, thiếu sự thống nhất giữa quản lý nhà nước về chuyên môn với quản lý nhân sự và tài chính, dẫn đến thiếu sự thống nhất trong chỉ đạo, điều hành đối với hệ thống giáo dục, đào tạo nói chung, khiến cho việc kiểm soát chất lượng nguồn nhân lực gặp rất nhiều khó khăn. Cụ thể, công tác phân luồng định hướng nghề nghiệp cho học sinh trung học cơ sở và trung học phổ thông chưa tốt; công tác đào tạo, giáo dục nghề nghiệp chưa thực sự dựa trên nhu cầu của xã hội, chưa thu hút được sự tham gia phát triển nguồn nhân lực từ các đơn vị sử dụng lao động; đội ngũ giáo viên, giảng viên còn thiếu về số lượng, yếu về chuyên môn nghiệp vụ, còn sự chênh lệch lớn về trình độ phát triển giữa các địa phương, vùng, miền; hệ thống phương pháp, công cụ kiểm tra, giám sát, kiểm định và đánh giá kết quả giáo dục và đào tạo kém hiệu quả; mục tiêu giáo dục toàn diện chưa được hiểu và thực hiện đúng…

Thứ sáu, thiếu minh bạch trong khâu tuyển dụng nguồn nhân lực đối với khu vực công, dẫn đến chất lượng tuyển dụng nguồn nhân lực chưa cao, chưa thu hút được người tài vào làm việc cho khu vực công