Giữa vi khuẩn và virus, về mặt kích cỡ, nguồn gốc và tác hại lên cơ thể người có sự khác biệt cơ bản.
Virus là dạng sống nhỏ nhất và đơn giản nhất; chúng nhỏ hơn vi khuẩn từ 10 tới 100 lần. Vi khuẩn là sinh vật đơn bào sống cả bên trong lẫn bên ngoài tế bào khác. Chúng có thể tồn tại mà không cần tới tế bào túc chủ. Còn virus, chỉ có thể ký sinh nội bào, nghĩa là chúng xâm nhập vào tế bào chủ và sống bên trong tế bào. Virus thay đổi vật liệu di truyền của tế bào chủ để khiến chúng (tế bào chủ) không hoạt động bình thường và để virus tự nhân lên.

Virus và vi khuẩn có sự khác biệt trong sinh sản.

Virus cần tới một vật chủ sống (thực vật hay động vật) để nhân lên, trong khi hầu hết vi khuẩn có thể phát triển trên những bề mặt không có sự sống.

Vi khuẩn có đủ bào quan (thành phần cấu trúc hợp thành tế bào) để phát triển và nhân lên và thường sinh sản vô tính.

Ngược lại, virus thường chỉ chứa thông tin - DNA hoặc RNA, bao quanh bởi lớp vỏ protein. Chúng cần bào quan của tế bào chủ để sản sinh. Phần “chân” của virus sẽ bám vào bề mặt tế bào và rồi vật liệu di truyền bên trong virus sẽ được truyền vào tế bào. Nói cách khác, virus không thực sự “sống”, chỉ cơ bản là thông tin (DNA hay RNA) trôi nổi cho tới khi chúng gặp vật chủ phù hợp.

Vi khuẩn là sinh vật sống nên có thể sử dụng cả vắc-xin và kháng sinh để phòng ngừa và tiêu diệt.
Virus, về cơ bản, không phải sinh vật sống, bởi chúng cơ bản ở trong tình trạng “ngủ đông”. Khi virus xâm nhập vào cơ thể người, nó sẽ bị hệ mi