Thuốc hóa học bảo vệ thực vật nếu dùng không đúng sẽ ảnh hưởng xấu đến quần thể sinh vật, bởi vì:

- Thuốc hóa học bảo vệ thực vật có phổ độc rất rộng, nên được dùng để diệt nhiều loài sâu, bệnh trên nhiều loại cây khác nhau. Mặt khác, những thuốc này lại được người nông dân sử dụng với nồng độ, liều lượng cao (để nhanh chóng dập tắt dịch hại). Chính vì vậy, thuốc hóa học bảo vệ thực vật vừa diệt sâu, bệnh lại vừa gây hại cho cây trồng, làm giảm năng suất và phẩm chất của nông sản.

- Sử dụng không hợp lí, không đúng thuốc hóa học bảo vệ thực vật có tác động xấu đến quần thể sinh vật có ích trên đồng ruộng, trong đất, nước. Từ đó phá vỡ cân bằng sinh thái đã ổn định của các quần thể sinh vật.

- Sử dụng thuốc hóa học bảo vệ thực vật không đúng còn tạo cơ hội xuất hiện những quần thể dịch hại kháng thuốc. Những quần thể dịch hại này có khả năng chống đỡ với thuốc, làm thuốc mất tác dụng.