Loại phân bón tốt nhất và được sử dụng chủ yếu khi áp dụng các biện pháp trồng trọt hữu cơ là phân bón hữu cơ (bao gồm phân chuồng đã ủ hoai mục, phân xanh, phân rác, phân trùn quế, than bùn đã qua chế biến, v.v.). 
Lý do lựa chọn loại phân bón này :
An toàn và thân thiện môi trường: Phân hữu cơ có nguồn gốc từ tự nhiên, không chứa hóa chất độc hại, không gây ô nhiễm đất, nước và nông sản.
Cải tạo đất: Phân hữu cơ giúp bổ sung chất mùn, làm cho đất tơi xốp, cải thiện cấu trúc đất, tăng khả năng giữ nước và thông thoáng khí, tạo môi trường thuận lợi cho vi sinh vật có lợi phát triển.
Cung cấp dinh dưỡng bền vững: Mặc dù hàm lượng dinh dưỡng không cao ngay lập tức như phân hóa học, nhưng phân hữu cơ phân hủy chậm, cung cấp dinh dưỡng từ từ và ổn định cho cây trồng trong thời gian dài.
Nâng cao chất lượng nông sản: Canh tác hữu cơ với phân bón hữu cơ giúp tạo ra nông sản sạch, an toàn, có giá trị dinh dưỡng cao hơn và hương vị tự nhiên hơn. 

• Phân trùn quế: Giàu dinh dưỡng, giúp đất tơi xốp, giữ nước, kháng bệnh cho cây.
• Phân xanh: Cây họ đậu vùi đất (lạc, đậu tương) giúp cố định đạm, làm đất màu mỡ, tăng cường hệ vi sinh vật đất.
• Phân từ rác thải nhà bếp: Vỏ chuối, trứng, bã cà phê... giàu vi lượng, tăng độ phì nhiêu.
• Phân chuồng hoai mục: Phân bò, dê, gà ủ kỹ cung cấp hữu cơ, dinh dưỡng đa trung vi lượng.
• Phân hữu cơ vi sinh: Chứa vi sinh vật có lợi, phân giải chất hữu cơ, cải thiện cấu trúc đất, tăng khả năng hấp thụ dinh dưỡng.