Địa danh Sài Gòn trên 300 năm và từng được dùng để chỉ một khu vực với diện tích khoảng 1 km² (Chợ Sài Gòn) có đông người Hoa sinh sống trong thế kỷ 18. Địa bàn đó gần tương ứng với khu Chợ Lớn ngày nay.

Năm 1747, theo danh mục các họ đạo trong Launay, Histoire de la Mission Cochinchine, có ghi chép "Rai Gon Thong" (Sài Gòn Thượng) và "Rai Gon Hạ" (Sài Gòn Hạ).

Theo Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn viết năm 1776, năm 1674, Thống suất Nguyễn Dương Lâm vâng lệnh chúa Nguyễn đánh Cao Miên và phá vỡ "Lũy Sài Gòn" (theo Hán Nho viết là "Sài Côn"). Đây là lần đầu tiên chữ "Sài Gòn" xuất hiện trong tài liệu Việt Nam. Vì thiếu chữ viết nên chữ Hán "Côn" được dùng thế cho "Gòn". Nếu đọc theo Nôm là "Gòn", còn không biết đó là Nôm mà đọc theo chữ Hán thì là "Côn".

Sau đó, danh xưng Sài Gòn được dùng để chỉ các khu vực nằm trong lũy Lão Cầm (năm 1700), lũy Hoa Phong (năm 1731) và lũy Bán Bích (năm 1772), chỉ với diện tích 5 km².

Thời Pháp thuộc
Xem thêm: Hòn ngọc Viễn Đông
Ngày 11 tháng 4 năm 1861, sau khi chiếm được thành Gia Định, Phó Đô đốc Léonard Charner ra nghị định xác định địa giới thành phố Sài Gòn (tiếng Pháp: Ville de Saigon) bao gồm cả vùng Sài Gòn và Bến Nghé. Đến ngày 3 tháng 10 năm 1865, quyền thống đốc Nam Kỳ, chuẩn đô đốc Pierre Roze đã ký nghị định quy định lại diện tích của thành phố Sài Gòn chỉ còn 3km2 tại khu Bến Nghé cũ, đồng thời cũng quy định thành phố Chợ Lớn (tiếng Pháp: Ville de Cholon) tại khu vực Sài Gòn cũ. Từ đó tên gọi Sài Gòn chính thức dùng để chỉ vùng đất Bến Nghé, và tên Chợ Lớn để chỉ vùng Sài Gòn cũ. Sau năm 1956, tên gọi Sài Gòn được dùng chung để chỉ cả hai vùng đất này.

Các giả thuyết về nguồn gốc tên gọi
Đề Ngạn
Đây là thuyết được đưa ra bởi 2 người Pháp là Aubaret và Francis Garnier. Theo Aubaret, Histoire et description de la Basse-Cochinchine, và Garnier, Cholen, thì năm 1778 người Hoa ở Cù lao Phố (Biên Hòa) vì giúp đỡ nhà Nguyễn nên bị quân nhà Tây Sơn tìm kiếm phải rút lui theo con sông Tân Bình (Bến Nghé), chọn vùng đất ở giữa đường Mỹ Tho đi Cù lao Phố mà xây dựng tân sở, ngày sau thành phố Chợ Lớn. Năm 1782 họ lại bị quân nhà Tây Sơn tìm kiếm một lần nữa. Ít lâu sau họ xây dựng lại, đắp đê cao nên đặt tên chỗ mới là "Tai-Ngon", hoặc "Tin-Gan", phát âm theo tiếng Quảng Đông là "Thầy Ngồn" hay "Thì Ngòn", đọc theo âm Hán-Việt là "Đề Ngạn" (堤岸). Hiện tại, Đề Ngạn (堤岸) vẫn được dùng bởi cộng đồng người Hoa để chỉ khu vực Chợ Lớn. Người Hoa hiện dùng từ "Tây Cống" (西貢), âm Quảng: "Xây-cóon" để gọi danh từ Sài Gòn và để chỉ khu vực Bến Nghé.

Thuyết này được hai học giả là Vương Hồng Sển và Thái Văn Kiểm đồng ý. Quả thật, trên phương diện ngữ âm, thì "Thầy Ngòn", "Xi Coón" rất giống "Sài Gòn". Trong bản đồ của Trần Văn Học vẽ năm 1815 thì địa danh Sài Gòn Xứ (柴棍處) được dùng để chỉ khu vực gần Chợ Lớn hiện nay,[1] củng cố thêm giả thiết liên hệ giữa Sài Gòn và Thầy Ngòn – Đề Ngạn.

Củi và Bông gòn
Có thuyết nói rằng "Sài Gòn" bắt nguồn từ chữ "Sài" theo chữ Hán là củi và "Gòn" là chữ Nôm chỉ cây bông gòn.

"Sài là mượn tiếng viết theo chữ Hán có nghĩa là củi gỗ, Gòn là tiếng Nam chỉ bông gòn. Người ta nói rằng tên đó phát sinh bởi sự kiện nhiều cây bông gòn do người Cao Miên đã trồng chung quanh đồn đất xưa của họ, mà dấu vết nay vẫn còn ở chùa Cây Mai và các vùng lân cận.... Theo ý tôi, hình như tên đó là của người Cao Miên đặt cho xứ này, rồi sau đem làm tên gọi thành phố. Tôi chưa tìm ra được nguồn gốc đích thực của tên đó."(Trương Vĩnh Ký)
Tương tự có nhiều thuyết cho rằng "Sài Gòn" từ chữ "Prey Kor" (Rừng Gòn) hay "Kai Gon" (Cây Gòn) mà ra. Nói chung, các thuyết này đều dựa trên một đặc điểm chính: cây bông gòn.

Nhưng thuyết này phần lớn đã bị bác bỏ vì lý do đơn giản là không ai tìm được dấu tích của một thứ "rừng gòn" ở vùng Sài Gòn, hay sự đắc dụng của củi gòn ở miền Nam, kể cả Trương Vĩnh Ký. Ngay vào thời của Trương Vĩnh Ký (1885) tức khoảng hơn 100 năm sau mà đã không còn dấu tích rõ ràng của thứ rừng này, mặc dù lúc đó không có phát triển gì lắm. Ngay cả khi Louis Malleret khảo nghiệm lại, hình như cũng không có dấu vết gì của một rừng gòn ở Sài Gòn.

Thêm nữa là cây gòn thời đó dùng làm hàng rào chứ không làm củi. Và theo Lê Trung Hoa trong Địa Danh thì "sài" chỉ xuất hiện trong các từ ghép Hán-Việt, như "sài Tân" chứ chưa bao giờ được dùng như một từ đơn, nên không thể nói "củi" được, là "sài" được, hay là "củi gòn" là "Sài Gòn" được.

Vậy, thuyết Sài Gòn là "củi gòn" đã bị bác bỏ bởi thực tế địa lý và ngữ học.

Bến Củi
Dọc theo con đường Nam tiến của dân tộc Việt Nam có nhiều bến bên các dòng sông: Bến Vân đồn, Bến Thủy, Bến Hải, Bến Quan, Bến Ván, Bến Thóc, Bến Đình, Bến Tranh, Bến Tre, Bến Súc, Bến Tắm Ngựa, Bến Thành, Bến Thành... Một số địa danh bị biến đổi như Bến Ván đã được đổi ra Bản Tân, Bến Thóc đã đổi ra Mễ Tân. Rất có thể địa danh Bến Củi đã được đổi ra Sài Tân hoặc Sài Ngạn (do người Quảng Đông sống ở khu vực này gọi bến (bờ) bằng chữ Ngạn, củi gỗ là Sài. "Sài Ngạn" (được phát âm như là "Xây-cóon" hay "Xi-cóon") có lẽ do phát âm trại thành "Sài Gòn".

Tuy nhiên giả thuyết này bị phát bỏ vì mơ hồ và thiếu thuyết phục, vì tên gọi Sài Gòn được ghi chép từ ngay trước khi người Hoa bỏ Cù Lao Phố về Sài Gòn.

Prei Nokor
Dựa theo lịch sử và phát âm có thuyết cho là "Sài Gòn" là được phiên âm từ "Prei Nokor" hay từ "Thầy Ngồn" mà ra. Prei Nokor nguyên là dinh của phó vương Chân Lạp thuộc vùng Chợ Lớn tới chùa Cây Mai, là dấu vết của một "thành phố" có từ thời Tiền Angkor (theo nhà sử học Pháp Louis Malleret). Tuy nhiên không có tài liệu nào khẳng định rằng nơi đây từng tồn tại khu dân cư trước thế kỷ 16.

Ông Petrus Trương Vĩnh Ký là người đưa ra thuyết này. Trong tiểu giáo trình Địa lý Nam Kỳ, ông đã công bố một danh sách đối chiếu 187 địa danh Việt Miên ở Nam Kỳ, như Cần Giờ là Kanco, Gò Vấp là Kompăp, Cần Giuộc là Kantuọc và Sài Gòn là Prei Nokor.

Hai ông Nguyễn Đình Đầu và Lê Trung Hoa đều đồng ý với thuyết này, dựa theo lịch sử và ngữ âm.

Theo sử Cao Miên được dịch lại bởi Louis Malleret, vào năm 1623, một sứ thần của chúa Nguyễn đem quốc thư tới vua Cao Miên và ngỏ ý muốn mượn xứ Prei Nokor và Kras Krabei của Cao Miên để đặt phòng thu thuế. Tới năm 1674, Cao Miên có biến, chúa Nguyễn sai Nguyễn Dương Lâm đánh và phá luỹ Sài Gòn. Vậy, từ 1623 tới 1674, vùng Prei Nokor, hay Sài Gòn, đã phát triển lắm.

Đó là theo sử sách, còn theo tiếng nói thì Prei Nokor (hay Brai Nagara theo tiếng Phạn mà người Miên mượn), có nghĩa là "thị trấn ở trong rừng", "Prei" hay "Brai" là "rừng", "Nokor" hay "Nagara" là "thị trấn". Đây là vùng mà chúa Nguyễn đã mượn làm nơi thu thuế.

Theo tiến trình của ngôn ngữ, Prei hay Brai biến thành Rai, thành "Sài", Nokor bị bỏ "no" thành "kor", và từ "kor" thành "gòn".