Việc bón phân hữu cơ và tưới nước từ mương có thể tiềm ẩn các mối nguy sinh học sau:

- Mương thường chứa một lượng lớn vi khuẩn phân hủy tự nhiên từ các chất hữu cơ phân hủy. Những vi khuẩn này có thể gây ra sự ô nhiễm vi sinh vật cho rau quả nếu không được kiểm soát chặt chẽ.

- Một số vi khuẩn gây bệnh có thể tồn tại trong mương, đặc biệt là khi mương chứa nước thải từ động vật hoặc chứa chất thải hữu cơ. Các vi khuẩn gây bệnh này có thể gây nhiễm trùng cho rau quả nếu chúng tiếp xúc trực tiếp hoặc qua nước tưới.

- Nước từ mương cũng có thể chứa các loại ký sinh trùng từ phân của động vật. Những sinh vật này có thể gây nhiễm trùng khi tiếp xúc với rau quả hoặc khi rau quả được tưới bằng nước từ mương.

- Một số mương có thể bị ô nhiễm bởi các chất hóa học từ nước thải công nghiệp hoặc từ các nguồn ô nhiễm khác. Sự tiếp xúc với nước từ mương có thể đưa vào rau quả các chất ô nhiễm như kim loại nặng, thuốc trừ sâu, hoặc chất độc hại khác.