a) Sản xuất thực phẩm cho người và thức ăn cho gia súc

Con người đã tận dụng các bã thải thực vật (rơm rạ, lõi ngô, bã mía, xơbông) để trồng nhiều loại nấm ăn (nhờ vi sinh vật phân giải xenlulôzơ thành chất đơn giản).

Nước thải từ các xí nghiệp chế biến sắn, khoai tây, dong riềng có thể được dùng để nuôi cấy một số nấm men có khả năng đồng hoá tinh bột nhằm thu nhận sinh khối làm thức ăn cho gia súc.

Sản xuất tương là dựa vào 2 enzim chủ yếu của nấm mốc và vi khuẩn nhiễm tự nhiên hoặc cấy chủ động vào nguyên liệu: amilaza phân giải tinh bột (trong xôi hoặc ngô) thành glucôzơ và proteaza phân giải prôtêin (trong đậu tương) thành axit amin.

Muối dưa, muối cà là quá trình sử dụng vi khuẩn lên men lactic, chuyển hoá một số đường đơn chứa trong dưa, cà thành axit lactic.

Đặc biệt, con người sử dụng thành công amilaza từ nấm mốc để thủy phân tinh bột dùng trong sản xuất rượu :

b) Cung cấp chất dinh dưỡng cho cây trồng

Xác động vật và thực vật được vi sinh vật phân giải chuyển thành chất dinh dưỡng cho cây trồng (tạo nên độ phì nhiêu của đất). Đây cũng là cơ sở khoa học của việc chế biến rác thải thành phân bón.

c) Phân giải các chất độc

Nhiều vi khuẩn và nấm đất có khả năng phân giải một phần hoặc toàn bộ nhiều hoá chất độc như thuốc trừ sâu, diệt nấm...

d) Bột giặt sinh học

Người ta đưa thêm vào bột giặt một số enzim vi sinh vật như amilaza, proteaza, lipaza... để tẩy các vết bẩn (bột, thịt, dầu, mỡ...) trên chăn màn, quần áo...

e) Cải thiện công nghiệp thuộc da

Để tẩy sạch lông ở bộ da động vật trước đây người ta phải sử dụng các hoá chất, vừa kém hiệu quả, vừa gây ô nhiễm môi trường. Việc sử dụng các enzim prôtêaza và lipaza từ vi sinh vật thay cho hoá chất không những làm tăng chất lượng của da mà còn tránh được các ảnh hưởng đến môi trường sống.