Cơ sở khoa học của nguyên tắc bón phân cho cây trồng: bón đúng loại, đúng liều lượng và đúng thời điểm:

- Mỗi loài cây trồng có nhu cầu về các nguyên tố khoáng khác nhau, với liều lượng khác nhau. Khi được cung cấp đúng loại nguyên tố khoáng cây cần với liều lượng thích hợp, cây sẽ sinh trưởng, phát triển tốt, tăng khả năng chống chịu với sâu bệnh và điều kiện bất lợi, từ đó cho năng suất, chất lượng sản phẩm cao. Ngược lại, nếu bón không đúng loại phân cây cần, với liều lượng quá cao hoặc quá thấp so với nhu cầu của cây sẽ kìm hãm quá trình sinh trưởng, phát triển của cây, làm giảm khả năng chống chịu khiến cây dễ mắc sâu bệnh, từ đó làm giảm năng suất và chất lượng của cây trồng. Vì vậy, trong trồng trọt, cần lựa chọn loại phân bón cũng như liều lượng bón phù hợp với từng đối tượng cây trồng.

- Mỗi giai đoạn sinh trưởng và phát triển của cây đòi hỏi một chế độ dinh dưỡng khoáng khác nhau. Vì vậy, cần có chế độ bón phân phù hợp với đặc điểm sinh lí của cây trồng ở từng thời kì cụ thể.